No final do último episódio exibido do anime Sidonia no Kishi, teve um anúncio revelando a produção de sua segunda temporada, cujo nove será Sidonia no Kishi: Dai-kyu Wakusei Seneki.

Junto ao anúncio, veio um teaser sobre um evento premium do anime que acontecerá no dia 23 de Novembro, onde ocorrerá a pré-exibição dos dois primeiros episódios da segunda temporada.

A história se passa em um futuro muito distante, onde uma espécie de seres alienígenas invadiu a Terra, e forçou os poucos sobreviventes a morar numa colônia espacial vagante, que também é atacada constantemente por esses alienígenas, chamados Gaunas. Essa colônia, Sidonia, forma pilotos de mecha para combater a ameaça desses Gaunas.

O protagonista, Nagate Tanikaze, é um garoto simples que vivia no "subsolo" de Sidônia com seu falecido avô. Um dia, Nagate foi capturado roubando arroz, mas ao invés de ser punido por isso, fizeram Nagate morar na superfície de Sidonia e estudar na academia de pilotos, se mostrando um piloto impressionante.