Kurokami Medaka estuda no primeiro ano de sua escola, se elege a presidente do conselho estudantil, logo em seguida ela faz uma caixa e incentiva os alunos a colocarem qualquer tipo de problema dentro dela sendo que quem vai resolver os problemas é ela Medaka, então ai vem o nome do anime Medaka Box, Caixa de Medaka.

Contudo ela ate o momento é a única do conselho estudantil, mas logo vai atrás de pedir para seu amigo de infância Hitoyoshi Zenkichi ajuda-lá com os problemas, assim tornando-o um novo membro do conselho.

Sábado passado Medaka Box teve o seu fim com o capitulo 192 no décimo nono volume, terminando uma série de acontecimentos estranhos.

Saiu de um simples mangá Slice-of-life (No seu inicio) para um shounen de batalhas de outro mundo (acho que perto do capitulo 30 ou 50 começou tudo), mas os autores Nishio Ishin e Akatsuki Akira souberam garantir que a obra ficasse boa, insana, mas bem divertida.